Sở Dân tộc và Tôn giáo thành phố Hà Nội có 4 phòng chức năng gồm 3 phòng nghiệp vụ và Văn phòng.

Tại Kỳ họp lần thứ 21 HĐND thành phố khóa XVI được tổ chức sáng 25/2, HĐND thành phố Hà Nội đã thông qua nghị quyết về việc thành lập Sở Dân tộc và Tôn giáo trên cơ sở Ban Dân tộc thành phố tiếp nhận thêm chức năng, nhiệm vụ tổ chức bộ máy của Ban Tôn giáo thuộc Sở Nội vụ. Ông Nguyễn Nguyên Quân được bổ nhiệm làm Phó Giám đốc phụ trách.